Деятельность научно-исследовательского института педагогических проблем образования направлена на организацию, проведение и координацию научных исследований по актуальным проблемам общего и педагогического образования; диссеминацию результатов исследований ученых Герценовского университета в профессиональном сообществе; научно-методической поддержке инновационной деятельности образовательных организаций Санкт-Петербурга и Ленинградской области.

Научно-исследовательский институт осуществляет разработку рекомендаций по проектированию образовательных программ магистратуры по направлению "Образование и педагогические науки", содействует повышению активности магистрантов в научно-исследовательской деятельности путем привлечения их к выполняемым исследованиям, организует научное консультирование педагогов школ-лабораторий университета по вопросам реализации инновационной деятельности в общем образовании, разрабатывает исследовательские проекты по заданию органов управления образованием.