РГПУ имени А. И. Герцена берет свое начало с указа императора Павла I от 2 (15 мая) 1797 года о принятии Петербургского Воспитательного Дома под покровительство императрицы Марии Федоровны.  Организатором Воспитательного Дома, с целью обучения и воспитания детей-сирот, был Иван Иванович Бецкой – крупный педагог своего времени. Здесь воспитывали и обучали детей разным ремеслам и искусствам. Позже в Воспитательном Доме были организованы курсы  гувернеров, воспитателей, учителей. На всех этапах образования воспитанников постоянно использовались объекты ботаники. Подтверждением этого являются сотни наглядных пособий по ботанике, датированным позапрошлым и началом прошлого века, которые хранятся на кафедре ботаники и используются в учебном процессе до сих пор.

«Ботанический след» императрицы Марии Федоровны прослеживается на протяжении всей ее жизни. Она была знатоком и ценителем растений, мастером ботанического рисунка, а также  в совершенстве знала мифологический язык цветов. Вместе с Павлом Петровичем был создан ботанический сад в Павловске, а позже  на Елагином острове и в Гатчине.  Будучи еще Великой княгиней, она собрала гербарную коллекцию растений окрестностей Павловского дворца. Ее любимый «Розовый павильон» был окружен благоухающим розарием. В «Собственном садике» она бывала ежедневно. Здесь выращивались многие виды растений. Среди них были редкие, специально доставленные для нее растения из Германии, Голландии, Англии и других стран.  Растения  цвели, начиная с ранней весны и до поздней осени. Это видят тысячи экскурсантов Павловского дворца, посещающих  с мая по октябрь «Собственный садик Императрицы Марии Федоровны».  Любовь к природе, к растениям Императрица прививала своим детям и  всем подопечным.  Естественно, «ботаническая атмосфера» занимала видное место и в Воспитательном Доме.

Кафедра ботаники, как самостоятельное структурное подразделение, основана в 1918 году. Она образовалась в результате слияния нескольких ботанических подразделений из разных  педагогических  учебных заведений Санкт-Петербурга. где работали  выдающиеся отечественные ученые. Первым заведующим объединенной кафедры ботаники стал профессор В.Л. Комаров (позже академик и Президент АН СССР, Герой социалистического труда).  Владимир Леонтьевич в этой должности был недолго, но он заложил основы для дальнейшего развития кафедры.  Собранный им гербарий до сих пор бережно хранится на кафедре.

В 1922 году руководство кафедрой принял профессор Н.А. Максимов, который одновременно был заведующим подотделом физиологии растений во Всесоюзном институте прикладной ботаники и полевых культур (это прежнее название ВНИР им. Н.И. Вавилова). Николай Александрович известен широкому кругу ботаников как один из основоположников экологической физиологии растений. Работая на кафедре, Н.А. Максимов опубликовал первые издания своего учебника «Физиология растений» (всего их девять изданий), которыми многие десятилетия пользовались ботаники и физиологи растений многих стран мира. Последнее, 9 издание, как учебник для сельскохозяйственных вузов, вышло в 1958 году уже после смерти автора. Со всей уверенностью можно сказать, что Н.А. Максимов «внедрил» экологическое направление исследований с растениями на кафедре ботаники, которое сохраняется и в настоящее время.

После переезда  Н.А. Максимова  в Москву на работу в  Институт  физиологии растений им. К.А. Тимирязева, директором которого он стал  чуть позже,  на должность заведующего кафедрой ботаники был приглашен Ф.Д. Сказкин, также сотрудник ВИР. С именем Федора Даниловича связана разработка новой главы физиологии растений — учения о критическом периоде в онтогенезе растений. Благодаря работам Ф.Д. Сказкина и его учеников установлены границы критического периода у важнейших сельскохозяйственных культур – ячменя, пшеницы, овса,  кукурузы, гороха, гречихи, огурца и других, вскрыты причины череззерницы и пустоколосья, приводящие к катастрофическому падению урожая, и предложены приемы повышения устойчивости растений к водному стрессу. Исследования, проводившиеся на кафедре ботаники,  имели не только теоретическую значимость, но и практическую, особенно для орошаемого земледелия.  Много сил и энергии вложил Федор Данилович в организацию Агробиологической станции в пос. Вырица. Здесь в 1940 году была проведена первая летняя полевая практика по физиологии растений, которая затем стала проводиться и в других вузах. На этой базе прошли летнюю полевую практику по ботаническим дисциплинам тысячи студентов-биологов, а также выполнены многочисленные научные и методические эксперименты, ставшие основой многих дипломных работ, кандидатских и докторских диссертаций.

За эти годы на кафедре ботаники в качестве преподавателей разновременно работали крупнейшие ученые: известный миколог, доктор биологических наук профессор В.Г. Траншель, крупнейший биохимик доктор биологических наук, профессор Н.Н. Иванов, видный физиолог растений доктор биологических наук, профессор О.А. Вальтер, член-корреспондент АН СССР, лауреат Сталинской премии, доктор биологических наук, профессор Б.К. Шишкин, крупнейший ботаник-географ доктор географических наук, профессор А.П. Ильинский и другие ученые.

В 1964 году кафедру возглавил ближайший ученик Ф.Д. Сказкина, профессор В.В. Аникиев, достойно продолживший разработку научных и методических направлений, заложенных в предыдущие годы. Его исследования позволили углубить понимание биологической природы критического периода к засухе и избыточному увлажнению почвы. Его монография «Биологическая природа критического периода к недостатку воды в почве у хлебных злаков»  имела не только теоретическое значение (она вскрывала основную причину  падения урожая в условиях засухи), но и прикладное (определение сроков полива, приемов по смягчению губительного действии засухи на растения и обоснованию селекционно-генетической работы для создания засухоустойчивых сортов растений).  Под руководством В.В. Аникиева защищено 12 диссертаций, в том числе кандидатских диссертаций работающих сейчас на кафедре ботаники проф. Г.А. Воробейкова и декана  факультета биологии доцента В.Н. Бредихина.

С 1982 года кафедрой заведовал профессор Дыренков  Станислав Алексеевич, известный специалист леса и лесной растительности. С 1988  по 1991 год эту должность занимал Алексеенко Леонард Николаевич, исследовавший экологические особенности водного режима и продуктивность растений различных природных зон.

Начиная с 1992 года, кафедрой ботаники заведует выпускник биологического факультета профессор Воробейков Геннадий Александрович, а с 2009 года – ведущий научный сотрудник Ботанического института им. В.Л. Комарова РАН, доктор биологических наук Шамров Иван Иванович.

На протяжении всего периода своего существования кафедра ботаники являлась важным научным и методическим центром подготовки специалистов высшей квалификации. В аспирантуре при кафедре, по специальностям физиология и биохимия растений и ботаника, обучалось в общем итоге более 100 человек. Многие годы при кафедре действовало ФПК и обучались стажеры из многих педагогических вузов страны. По изданным кафедрой программам, учебникам и учебным пособиям по анатомии, морфологии, систематике, геоботанике экологии и физиологии растений, микробиологии и другим дисциплинам, совершенствовалось преподавание ботанических предметов.  Эта заслуга связана  с именами преподавателей  В.В. Письяуковой, Ю.К. Круберг, Т.Н. Гордеевой, С.Ф. Завалишиной, М.С. Миллер, Н.Н. Савицкой, К.А. Лукомской, Л.К. Шабес, А.А. Морозовой и др.  Интегрируя научный потенциал, кафедра развивает  комплексные работы по повышению стрессоустойчивости и продуктивности растений, с использованием фиторегуляторов и микробиологических препаратов. Важное место занимают исследования по анатомо-морфологической организации, с целью уточнения систематического положения видов и родов, вскрытие экологических особенностей и адаптации растительных организмов к разнообразным антропогенным и природным воздействиям.

На сегодняшний день учебные, научные и методические традиции кафедры, заложенные в первые годы ее становления известными корифеями ботанической науки, сохраняются и развиваются, что является залогом успешной работы всего коллектива в будущем.

Все учебные дисциплины, которые преподаются на кафедре ботаники, соответствуют ее профилю. Преподаватели кафедры читают лекции и проводят лабораторно-практические занятия по анатомии и морфологии растений, систематике,  фитоценологии, фитогеографии,  экологии, физиологии растений, микробиологии, почвоведению и экологии почв.  Магистрантам читаются  спецкурсы по современным проблемам ботаники, биотехнологии и геоботаники  (проф. Воробейков Г.А.,  проф. Шамров И.И., доц. Панкратова И.В.).

Основные  направления  научной работы кафедры объединены в две темы:

1. Изучение и сохранение биологического разнообразия растений  (анатомо-морфологический, систематический, биотический и  другие уровни исследования). (Руководитель – профессор И.И. Шамров);
2. Адаптация растений  к   воздействию  неблагоприятных природных и антропогенных факторов и повышение их продуктивности. (Руководитель – профессор Г.А. Воробейков).

Основные летние исследования по морфологии, экологии и  физиологии растений проводятся  на базе Агробиостанции РГПУ им. А.И. Герцена в поселке Вырица (Гатчинский район). Другая часть научной работы, связанная с исследованием биоразнообразия  и систематики растений, осуществляется на географической станции в урочище «Железо» (Лужский район), характеризующейся значительным   разнообразием флоры.

На кафедре имеется значительный гербарный фонд, собранный поколениями преподавателей, аспирантов и студентов, начиная с В.Л. Комарова.  К настоящему времени фонды коллекций в основном  выявлены и  упорядочены, что позволяет  более объективно представить ее  научный уровень и современное состояние, но об этом будет сказано в отдельном разделе.