Ученый-географ, гидрограф, океанограф, картограф, генерал-лейтенант (1912), председатель Русского географического общества (1917–1931), Герой Труда, почетный член многих академий мира.
Воспитывался в семье Е. Е. Керн, дочери Анны Керн. В 1877 г. окончил Морской кадетский корпус, в 1880 г. — гидрографический отдел Николаевской морской академии.
Большой интерес проявил к океанографии и картографии. С 1907 г. руководил в Главном гидрографическом управлении работами по исследованию российских морей и всего Мирового океана. Ввел в науку понятие «Мировой океан». Свои многолетние научные работы по изучению морей Шокальский обобщил в капитальном труде «Океанография» (1917). Проявлял живой интерес к полярным проблемам. Многое сделал для изучения Северного морского пути и Арктики. Не случайно имя Ю. М. Шокальского увековечено на картах полярных областей. Возглавлял океанографическую экспедицию по комплексному изучению Черного моря, занимался исследованием Ладожского озера, рек Вычегда и Тавда. Руководил Геодезическим комитетом Госплана СССР и Главным управлением гидрометеорологической службы.
С 1882 по 1940 г. Ю. М. Шокальский опубликовал 1349 работ, рецензий, рефератов, переводов, словарных и энциклопедических статей (в том числе 65 монографий, 418 журнальных статей, 43 карты).
Ю. М. Шокальский, обладая блестящими педагогическими способностями, всю жизнь преподавал в разных учебных заведениях: в Морском училище, Морской академии, Военно-инженерной академии, Ленинградском государственном университете. В 1907–1918 гг. работалв должности профессора кафедры физической географии в Женском педагогическом институте, затем в Первом педагогическом институте (1918–1922).
1. Краткий очерк главнейших полярных экспедиций (1868–1899). — СПб.: тип П. О. Яблонского, 1900.
2. Очерк развития океанографии. — М.: тип. А. И. Мамонтова, 1900.
3. Океанография. — Пг.: тип. А. Ф. Маркса, 1917.
4. Физическая океанография. — Л.: Ленгострансиздат, 1933.
1. Берг Л. С. Памяти Ю. М. Шокальского (1856–1940) // Известия ВГО. 1940. Т. 72, вып. 6.
2. Дмитриева А. П. Юлий Михайлович Шокальский. — Л.: Изд-во ЛГУ, 1969.
3. Иванов Е. Н. Педагогическая деятельность Ю. М. Шокальского // Памяти Юлия Михайловича Шокальского: сб. ст. и материалов. — М.; Л., 1946. Ч. 1.