Музей университета был учрежден на основании решения Ученого совета Приказом МП РСФСР №5/п от 19.07.1974 г. Основой для создания музея стали материалы «Комнаты боевой славы», которые собирались с 1960-х гг. ХХ в. и в дальнейшем стали его «золотым» фондом.
Экспозиция музея «От Воспитательного дома до сегодняшнего дня: годы и судьбы» строится в хронологической последовательности, раскрывая историю университета через судьбы его ученых и студентов. В залах музея представлена история Императорского училища глухонемых (1806–1917), экспонаты по истории Воспитательного дома (1797–1917) и учебных заведений, созданных на его базе: Сиротского института (1837–1917), Учительской семинарии (1864–1917), Александринского сиротского института (1843–1917), Женского педагогического института (1864–1917).
Музейная экспозиция широко отражает студенческую жизнь Императорского женского педагогического института. Это учебники, фотографии, документы, альбомы и др. Представлена учебная мебель конца XIX в.–начала XX в. Период 1918–1920 гг. в витринах музея представлен артефактами: афиши, объявления, фотографии, студенческие книжки, свидетельства об окончании учебных заведений, учебники, личные вещи. Среди них предмет непременного быта студенческой жизни – чайник. И точно такой же чайник мы видим на фотографии студенческой бытовой коммуны. В разделе, посвященном 1930-м гг., посетители могут увидеть служебную записку академика И. В. Курчатова, который в те годы был заведующим кафедрой физики.
Особо выделяется раздел экспозиции, посвященный периоду Великой Отечественной войны. Здесь, помимо фотодокументов, дневников, выставлен гипсовый бюст профессора П. Г. Сутягина, в годы войны служившего в разведке (скульптор Л. Кербель, 1944)
Хронологическая последовательность истории университета неразрывно связана с историей города и страны. В витринах представлены материалы об участии герценовцев в освоении целинных земель в Казахстане, в студенческих строительных отрядах, археологических и геологических экспедициях. Экспонаты рассказывают о работе в школе и над научными открытиями. Посетители видят личные вещи ученых и студентов, фотографии выпускников. Международные связи университета представлены многочисленными подарками делегаций и посетителей музея.
В фонде музея хранятся разнообразные документы, книги, нумизматика, предметы быта, интерьеров и др. Уникальные материалы хранят личные фонды ректора и чл.-кор. АПН СССР профессора А.Д. Боборыкина (1916–1988); выдающегося филолога чл.-кор. АПН РСФСР профессора Е. Н. Петровой (1887–1961); профессоров-филологов И. В. Арнольд (1908–2010), Н.П. Гринковой (1895–1961); чл.-кор. АН СССР Ф. П. Филина (1908–1982); методистов в области естествознания П. И. Боровицкого (1896–1966), С. А. Павловича (1884–1966); дейст. члена АПН РСФСР химика В. Н. Верховского (1873–1947); историка В. Н. Бернадского (1890–1959); педагогов Е. Я. Голанта (1888–1971); дейст. члена АПН СССР И. П. Иванова (1923–1992); В. Н. Сорока-Росинского (1882–1960); географов дейст. члена РАО СССР А. В. Даринского (1910–2002), Н. Н. Иванова (1906–1959), Б. Н. Городкова (1890–1953) и др.
Фототека музея хранит снимки известных фотографов: К. К. Буллы, К. Штегемана, И. А. Оцупа, Т. Любичче, И. Феофанова и др. Также в музее хранятся документы и фотографии с автографами известных ученых, композиторов, писателей, спортсменов: П. Ф. Лесгафта, В. М. Бехтерева, И. И. Толстого, В. А. Догеля, П. Ф. Каптерева, С. В. Михалкова, О. Ф. Берггольц, Л. И. Егоровой и др.
Обращает на себя внимание кабинетная бронзовая скульптура малых форм: «Давид-победитель» (уменьшенный оригинал скульптуры М.-Ж.-А. Мерсье, выполнена на бронзолитейной фабрике Ф. Барбецьена (Франция) по специальной технологии, что подтверждает патентное клеймо «Reduction mecaniigue. A. Collas Brevete»); скульптура «Петр 1» (уменьшенная копия памятника Петру 1, установленного в 1915 г. в Полтаве на средства Петровского Полтавского кадетского корпуса (скульптор А. Г. Адомсон)).
Интересна история появления в экспозиции каминных мраморных часов ступенчатой формы, принадлежащих семье К. Д. Ушинского. Часы были подарены университету в 1974 г. Е. Т. Желтоножской, ранее проживавшей в г. Новгород-Северском Черниговской области, где находилась усадьба Ушинских.
В музее хранится портрет Александра Ивановича Герцена (1812–1870), чье имя носит университет с 1920 г. Портрет выполнен в 1948 г. известным живописцем, графиком В. М. Измайловичем (1872–1959). В. М. Измайлович писал портреты многих известных людей своего времени: П. И. Чайковского, А. В. Луначарского, А. А. Жданова, С. И. Вавилова, а также один из первых портретов В. И. Ленина.
Интересна коллекция выпускницы 1914 г. Николаевского сиротского института Людмилы Владимировны Сорокиной: открытки с видами института, аттестат об окончании, выпускной серебряный знак, фотографии воспитанниц института.
Музей располагает мемуарным фондом, постоянно пополняющимся и включающим в себя воспоминания преподавателей и студентов XIX–XX вв.
Музей университета посетила Марина Сергеевна Андронова. В дар университету она преподнесла две картины, ранее принадлежащие ее деду, Щербакову Александру Ильичу. А.И. Щербаков был ректором ЛГПИ им. А.И. Герцена в период с 1953 по 1964 гг. Александр Ильич наш выпускник 1931 года, профессор, заслуженный деятель науки РСФСР, долгие годы заведовал кафедрой психологии. Он – участник Великой Отечественной войны, награжден многими орденами и медалями, в том числе – медалью К.Д. Ушинского. Картина «А.С. Пушкин на даче А.О. Смирновой-Россе» ему была подарена в 1962 году художником-графиком, профессором, заведующим кафедрой изобразительного искусства Николаем Александровичем Павловым (1899–1968), а картина «Ветряный день» со словами благодарности была преподнесена в 1986 году доцентом Борисом Федоровичем Борзиным (1923–1991). Искренне благодарны Марине Сергеевне за ценный дар. Картины, несомненно, займут достойное место в экспозиции музея.
3 ноября 2023 года гостями нашего университета стали учащиеся 7 класса Муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения "Гимназия №1" (Нижний Новгород). Экскурсанты познакомились с историей Герценовского университета, интерьерами дворца Разумовского и современными аспектами деятельности вуза. В завершении экскурсии класс гимназистов передал в дар музею на постоянное хранение книгу "Мы из блокадного Ленинграда" с дарственной надписью "На память из Нижнего Новгорода МБОУ "Гимназия №1" Синяева Евгения Юрьевна.
В сентябре 2023 года музее проходили практику магистранты 1 курса (заочное отделение) Института философии человека по направлению «педагогическое направление», профиль «культурологическое образование». Они изучали и составляли опись материалов Т.Д. Залыгиной, выпускницы физико-математического факультета 1955 года. Тамара Дмитриевна много лет отработала в школе, ее труд был отмечен правительственными наградами. Фонд недавно был передан в дар университету ее родственниками.