Музей университета был учрежден на основании решения Ученого совета Приказом МП РСФСР №5/п от 19.07.1974 г. Основой для создания музея стали материалы «Комнаты боевой славы», которые собирались с 1960-х гг. ХХ в. и в дальнейшем стали его «золотым» фондом.
Экспозиция музея «От Воспитательного дома до сегодняшнего дня: годы и судьбы» строится в хронологической последовательности, раскрывая историю университета через судьбы его ученых и студентов. В залах музея представлена история Императорского училища глухонемых (1806–1917), экспонаты по истории Воспитательного дома (1797–1917) и учебных заведений, созданных на его базе: Сиротского института (1837–1917), Учительской семинарии (1864–1917), Александринского сиротского института (1843–1917).
Музейная экспозиция широко отражает студенческую жизнь Императорского женского педагогического института (1864-1917). Это учебники, фотографии, документы, альбомы и др. Представлена учебная мебель конца XIX в.–начала XX в.
Интересна коллекция Людмилы Владимировны Сорокиной - выпускницы Николаевского сиротского института 1914 года: открытки с видами института, аттестат об окончании, выпускной серебряный знак, фотографии воспитанниц института.
Период 1918–1920 гг. в витринах музея представлен артефактами: афиши, объявления, фотографии, студенческие книжки, свидетельства об окончании учебных заведений, учебники, личные вещи. Среди них предмет непременного быта студенческой жизни – чайник. И точно такой же чайник мы видим на фотографии студенческой бытовой коммуны. В разделе, посвященном 1930-м гг., посетители могут увидеть служебную записку академика И. В. Курчатова, который в те годы был заведующим кафедрой физики.
Особо выделяется раздел экспозиции, посвященный периоду Великой Отечественной войны. Фотографии, документы, дневники, личные вещи военной поры, принадлежавшие герценовцам, защищавшим свою страну на фронте и в тылу.
Хронологическая последовательность истории университета неразрывно связана с историей города и страны. В витринах представлены материалы об участии герценовцев в освоении целинных земель в Казахстане, в студенческих строительных отрядах, археологических и геологических экспедициях.
В фонде музея хранятся разнообразные документы, книги, нумизматика, предметы быта, интерьеров и др. Уникальные материалы хранят личные фонды ректора и чл.-кор. АПН СССР профессора А.Д. Боборыкина (1916–1988); выдающегося филолога чл.-кор. АПН РСФСР профессора Е. Н. Петровой (1887–1961); профессоров-филологов И. В. Арнольд (1908–2010), Н.П. Гринковой (1895–1961); чл.-кор. АН СССР Ф. П. Филина (1908–1982); методистов в области естествознания П. И. Боровицкого (1896–1966), С. А. Павловича (1884–1966); дейст. члена АПН РСФСР химика В. Н. Верховского (1873–1947); историка В. Н. Бернадского (1890–1959); педагогов Е. Я. Голанта (1888–1971); дейст. члена АПН СССР И. П. Иванова (1923–1992); В. Н. Сорока-Росинского (1882–1960); географов дейст. члена РАО СССР А. В. Даринского (1910–2002), Н. Н. Иванова (1906–1959), Б. Н. Городкова (1890–1953) и др.
Фототека музея хранит снимки известных фотографов: К. К. Буллы, К. Штегемана, И. А. Оцупа, Т. Любичче, И. Феофанова и др. Также в музее хранятся документы и фотографии с автографами известных ученых, композиторов, писателей, спортсменов: П. Ф. Лесгафта, В. М. Бехтерева, И. И. Толстого, В. А. Догеля, П. Ф. Каптерева, С. В. Михалкова, О. Ф. Берггольц, Л. И. Егоровой и др.
Обращает на себя внимание кабинетная бронзовая скульптура малых форм: «Давид-победитель» (уменьшенный оригинал скульптуры М.-Ж.-А. Мерсье, выполнена на бронзолитейной фабрике Ф. Барбецьена (Франция) по специальной технологии, что подтверждает патентное клеймо «Reduction mecaniigue. A. Collas Brevete»); скульптура «Петр 1» (уменьшенная копия памятника Петру 1, установленного в 1915 г. в Полтаве на средства Петровского Полтавского кадетского корпуса (скульптор А. Г. Адомсон)).
Интересна история появления в экспозиции каминных мраморных часов ступенчатой формы, принадлежащих семье К. Д. Ушинского. Часы были подарены университету в 1974 г. Е. Т. Желтоножской, ранее проживавшей в г. Новгород-Северском Черниговской области, где находилась усадьба Ушинских.
В музее хранится портрет Александра Ивановича Герцена (1812–1870), чье имя носит университет с 1920 г. Портрет (реплика с работы Н. Н. Ге) выполнен в 1948 г. известным живописцем, графиком В. М. Измайловичем (1872–1959). В. М. Измайлович писал портреты многих известных людей своего времени: П. И. Чайковского, А. В. Луначарского, А. А. Жданова, С. И. Вавилова, а также один из первых портретов В. И. Ленина.
Музей располагает мемуарным фондом, постоянно пополняющимся и включающим в себя воспоминания преподавателей и студентов XIX–XX вв.
Экспонаты музея отражают работу герценовцев в школе, вузе и над научными открытиями. Посетители увидят личные вещи учёных и студентов, выпускные фото. Международные связи университета представлены коллекцией подарков многочисленных иностранных делегаций, которая постоянно пополняется дарами.
В этом году личный фонд доктора педагогических наук, специалиста в области сурдопедагогики и логопедии профессора Михаила Ефимовича Хватцева, который бережно хранится в музее университета, пополнился новыми ценными экспонатами, среди которых экземпляр диссертации (в 2-х частях) на соискание учёной степени доктора педагогических наук «Речь глухонемых дошкольников», написанной им в 1945 году; лекции по логопедии (1933-1935 гг); методические пособия, положения о специальных школах (1948-49 гг) с автографами М.Е. Хватцева, рукопись с планами логопунктов г. Ленинграда 1937 г, записи лекций самого М.Е. Хватцева в студенческие годы (1916г) и др. Эти материалы имеют огромную музейную, научную, исследовательскую ценность. М. Е. Хватцев (28.12.1883-11.01.1977) был известным отечественным дефектологом, одним из основоположников логопедии в СССР. Родился в Датнове (ныне Дотнува, Литва). Окончил Санкт-Петербургский учительский институт (1908) и историко-филологическое отделение Петроградского университета (1918). С 1926 года работал логопедом в школе для умственно отсталых детей. В 1935–1964 годах был заведующим кафедрой сурдопедагогики и логопедии Ленинградского государственного педагогического института имени А. И. Герцена. М. Е. Хватцев впервые в отечественной логопедии обосновал причины возникновения речевых нарушений и разработал их классификацию. Он также является автором первых учебных пособий по логопедии для студентов. Фонд профессора М.Е. Хватцева включает личное дело, документы, фотографии, книги и методические пособия автора, переписку с учениками и др., а также личные вещи, например, мраморный письменный прибор для рабочего стола. Теперь личный фонд Михаила Ефимовича пополнился новыми ценными документами, за что музей РГПУ им. А. И. Герцена выражает огромную благодарность нашей дарительнице - выпускнице Института дефектологии и реабилитации (тогда факльтет коррекционной педагогики) 1998 года Евгении Ивановой. Дар пришёл по почте из другого города, но Евгения нашла возможность приехать и лично, подписать акт дарения и познакомиться с музеем РГПУ им. А. И. Герцена.
Новыми поступлениями на хранение в музей университета стали несколько даров университету. Среди них: атрибуты с символикой Санкт-Петербургского отделения Всероссийского физкультурно-спортивного общества «Динамо» в честь его 100-летия; декоративная тарелка - дар ректора Санкт-Петербургской государственной консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова Алексея Васильева в честь подписания соглашения о сотрудничестве между нашими учебными заведениями. А также дары иностранных делегаций из Вьетнама: декоративное панно-чеканка и символ Герценовского университета с изображением пеликана, искусно выполненный из риса. Значимым подарком Герценовскому университету стал дар губернатора г. Санкт-Петербурга А.Д. Беглова, картина художника Ю.В. Галатова "р. Нева. Петропавловка"
В октябре 2024 года после церемонии награждения участников и победителей фотоконкурса "Семья учителей", координатором федерального проекта "Крепкая семья" Анной Филоненко от лица участников конкурса и выпускников университета были переданы памятные дары: документы, спортивные награды, значки, фото, а также часть пулемётной ленты для пулемёта СГ-43.
В сентябре 2024 года коллекция даров университету, переданных на хранение в музей, пополнилась новыми экспонатами. Среди них: декоративная тарелка от ООО "Пекинской компании по культуре "Хумэнцзе", г. Пекин, КНР, памятный знак из керамики в стиле "гжель" от депутата Государственной Думы Федерального собрания РФ Нины Останиной, картина с видами г. Вологды от ректора Вологодского государственного университета Вячеслава Приятелева.
30 августа 2024 года РГПУ им. А. И. Герцена с визитом посетила делегация Генерального консульства Китайской Народной Республики в Санкт-Петербурге. Генеральный консул КНР Ло Чжаньхуэй в знак дружбы и взаимоуважения преподнёс памятный подарок ректору РГПУ им. А.И. Герцена Сергею Тарасову - сувенирная тарелка с изречением китайского мудреца Чжанци Гуаньхунци. В переводе оно звучит так: "Качество честности отражено в словах. Бамбуковый лес полон свежего аромата", и выражает почтение и уважение. Подарок был передан на хранение в музей университета.
В июле 2024 года в музей университета на хранение поступили памятные сувениры за участие в различных конкурсах и мероприятиях, а также дары от делегаций.
20 июня 2024 года после подписания соглашения о сотрудничестве между РГПУ им. а. И. Герцена и Московским педагогическим университетом (МПГУ) в дар нашему университету была преподнесена картина в видом МПГУ, которая была передана на хранение в музей.
7 июня 2024 года в коллекцию музея поступили памятные подарки, преподнесённые ректору РГПУ им. А. И.. Герцена С. Тарасову председателем комиссии российско-пакистанских отношений торгово-промышленной палаты Пакистана Мохсином Шейхом в ходе визита в университет в рамках XXVII Петербургского Международного экономического форума: декоративная тарелка с с государственной символикой Пакистана и национальный головной убор паколь - двухуровневый шерстяной берет с закатанными в обруч краями.
23 мая 2024 года коллекция даров от иностранных делегаций пополнилась новым экспонатом . После встречи губернатора Санкт-Петербурга А. Беглова и ректора РГПУ С.Тарасова с председателем Вьетнамского союза обществ дружбы Фан Ань Шоном и подписания соглашения о сотрудничестве между РГПУ им. А. И. Герцена и Обществом Вьетнамо-Российской дружбы в дар университету был преподнесён макет достопримечательностей Вьетнама.
Ко дню Победы, в мае 2024 года, Монетным двором Санкт-Петербурга в дар университету был преподнесён коллаж из памятных монет с изображением на аверсе городов столиц государств, освобождённых советскими войсками от немецко-фашистских захватчиков в 1941-1945 гг.
В 2024 году коллекция музея пополнилась новым экспонатом, имеющим отношение к человеку, имя которого носит наш университет. Это уникальная выставка 1937 года, из собрания Государственного музея истории российской литературы им. В. И. Даля, посвящённая 125-летию великого писателя, философа и общественного деятеля Александра Ивановича Герцена. В комплекте материалов выставки 61 фото на картоне, отражающие жизненный путь и творчество этого выдающегося человека.
Музей университета посетила Марина Сергеевна Андронова. В дар университету она преподнесла две картины, ранее принадлежащие ее деду, Щербакову Александру Ильичу. А.И. Щербаков был ректором ЛГПИ им. А.И. Герцена в период с 1953 по 1964 гг. Александр Ильич наш выпускник 1931 года, профессор, заслуженный деятель науки РСФСР, долгие годы заведовал кафедрой психологии. Он – участник Великой Отечественной войны, награжден многими орденами и медалями, в том числе – медалью К.Д. Ушинского. Картина «А.С. Пушкин на даче А.О. Смирновой-Россе» ему была подарена в 1962 году художником-графиком, профессором, заведующим кафедрой изобразительного искусства Николаем Александровичем Павловым (1899–1968), а картина «Ветряный день» со словами благодарности была преподнесена в 1986 году доцентом Борисом Федоровичем Борзиным (1923–1991). Искренне благодарны Марине Сергеевне за ценный дар. Картины, несомненно, займут достойное место в экспозиции музея.
3 ноября 2023 года гостями нашего университета стали учащиеся 7 класса Муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения "Гимназия №1" (Нижний Новгород). Экскурсанты познакомились с историей Герценовского университета, интерьерами дворца Разумовского и современными аспектами деятельности вуза. В завершении экскурсии класс гимназистов передал в дар музею на постоянное хранение книгу "Мы из блокадного Ленинграда" с дарственной надписью "На память из Нижнего Новгорода МБОУ "Гимназия №1" Синяева Евгения Юрьевна.
В сентябре 2023 года музее проходили практику магистранты 1 курса (заочное отделение) Института философии человека по направлению «педагогическое направление», профиль «культурологическое образование». Они изучали и составляли опись материалов Т.Д. Залыгиной, выпускницы физико-математического факультета 1955 года. Тамара Дмитриевна много лет отработала в школе, ее труд был отмечен правительственными наградами. Фонд недавно был передан в дар университету ее родственниками.